Stanisław Wyspiański urodził się 15 stycznia 1869 w Krakowie w rodzinie rzeźbiarza Franciszka Wyspiańskiego i Marii z Rogowskich. Matka zmarła w 1876 roku.
Ojciec chłopca nie potrafił sprawować odpowiedniej opieki nad młodym Stanisławem, dlatego też od 1880 roku mieszkał on u swojego bezdzietnego wujostwa: Kazimierza i Joanny Stankiewiczów. Należeli oni do wyższej warstwy mieszczaństwa, a ich dom uchodził za wysoce kulturalny. Bywał u nich między innymi Jan Matejko.
Wyspiański uczył się w gimnazjum św. Anny w Krakowie, gdzie wykłady odbywały się w języku polskim, a dużą wagę przywiązywano do nauki historii Polski oraz historii literatury polskiej. W czasie pobytu w szkole nawiązał koleżeńskie stosunki z Józefem Mehofferem, Lucjanem Rydlem, Stanisławem Estreicherem, Henrykiem Opieńskim i Jerzym Żuławskim.
W 1887 Wyspiański zapisał się na wydział filozoficzny Uniwersytetu Jagiellońskiego, gdzie w latach 1887–1890 i 1896–1897 był słuchaczem wykładów z historii, historii sztuki i literatury. Rozpoczął też studia malarskie w Szkole Sztuk Pięknych w Krakowie, której dyrektorem był w tym czasie Jan Matejko. Jako wyróżniającemu się uczniowi Matejko powierzył Wyspiańskiemu wykonanie zaprojektowanej przez siebie polichromii w odnawianym kościele Mariackim.
W roku 1890 młody Wyspiański udał się w podróż zagraniczną po Europie – jej trasa wiodła przez Włochy i Szwajcarię do Francji, a dalej: do Niemiec i czeskiej Pragi. W latach 1891–1894 artysta trzykrotnie przebywał w Paryżu. Uczęszczał do prywatnej Academie Colarossi i wiele malował. Żył wówczas w trudnych warunkach materialnych, korzystając ze stypendium Szkoły Sztuk Pięknych. W tym czasie zetknął się z Władysławem Ślewińskim, z Gauguinem i „nabistami”. Silne wrażenie wywarło na nim malarstwo Pierre’a Puvisa de Chavannes, a zwłaszcza jego freski w Panteonie.
Poszerzając swój warsztat malarski, Wyspiański stopniowo coraz więcej uwagi poświęcał teatrowi. Uczęszczał na spektakle operowe, oglądał przedstawienia klasyków francuskich, interesował się tragedią antyczną i dramatami Szekspira. Wówczas powstały pierwsze próby dramatów Wyspiańskiego: Królowa Polskiej Korony oraz wstępne redakcje Legendy, Warszawianki, Daniela i Meleagra. Utwory te artysta kończył już w Krakowie, dokąd wrócił na stałe w sierpniu 1894 roku.
Po powrocie do Krakowa artysta zaprojektował i częściowo wykonał polichromię w restaurowanym kościele Franciszkanów złożoną z motywów kwiatowych, heraldycznych i geometrycznych. Wykonał także witraże: bł. Salomei i św. Franciszka oraz Boga Ojca zatytułowany Stań się. Zdobył również Nagrodę Polskiej Akademii Umiejętności za pejzaże z kopcem Kościuszki.
Jako malarz i dekorator nawiązał współpracę z Teatrem Miejskim w Krakowie pod dyrekcją Tadeusza Pawlikowskiego. Wkrótce na jego scenie rozwinął swoją twórczość dramatyczną. Tu odbyły się słynne premiery takich sztuk jak Wesele (1901) i Wyzwolenie (1903). Wyspiański stał się także współzałożycielem towarzystwa Sztuka oraz ilustratorem i twórcą nowej formy graficznej czasopisma Życie, którego redaktorem naczelnym był Stanisław Przybyszewski.
O dziwo ani ogłoszenie drukiem Legendy w roku 1897, ani pierwsze dzieła malarskie nie przyniosły Wyspiańskiemu większego uznania. Podobnie bez echa minęło wydanie Meleagra (1898). W roku 1899 ukazały się dramaty Protesilas i Laodamia, Klątwa i Lelewel, a w roku 1900 Legion. Dopiero ukazanie się Warszawianki zapewniło mu szerszy rozgłos. Dziełem tym Wyspiański zapoczątkował serię dramatów o tematyce narodowej.
W roku 1900 Wyspiański poślubił Teofilę Pytkównę. W listopadzie tegoż roku wziął udział w weselu swojego przyjaciela Lucjana Rydla w Bronowicach. Na kanwie tego wydarzenia powstało słynne Wesele wydane w roku 1901, które przyniosło Wyspiańskiemu zasłużoną sławę i uznanie.
W roku 1903 artysta wydał trzy nowe dzieła: Wyzwolenie, Achilleis i Bolesław Śmiały. W następnym roku ukazało się nowe opracowanie Legendy (tzw. Legenda II), Nocy listopadowej oraz sztuki Akropolis. Wyspiański zajmował się w tym czasie głównie dokończeniem rozpoczętych utworów.
W roku 1906 Wyspiański otrzymał nominację na profesora Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. W roku 1907 ukazały się z kolei nowe dramaty Skałka, Powrót Odysa, Sędziowie oraz parafraza Cyda Corneille’a.
W ostatnim okresie życia schorowany i niedomagający fizycznie artysta leczył się w Rymanowie i Bad Hall. Przeniósł się także do zakupionego przez siebie domu we wsi Węgrzce pod Krakowem. Wyspiański zmarł 28 listopada 1907 roku w prywatnej lecznicy profesora M. Rutkowskiego w Krakowie przy ul. Siemiradzkiego.
2 grudnia 1907 roku odbył się w Kościele Mariackim pogrzeb Wyspiańskiego. Artysta pochowany został w Krypcie Zasłużonych na Skałce. Uroczystości żałobne przekształciły się w manifestację uczuć narodowych Polaków przybyłych z trzech zaborów.
Życie Stanisława Wyspiańskiego było pełne napięć, konfliktów z otoczeniem, zmagań twórczych, a także poważnych problemów ze zdrowiem. Jednak głębokie poczucie wewnętrznej wolności i przekonanie o wartości własnej sztuki mobilizowały jego siły twórcze niemal do końca.
„O, kocham Kraków – bo nie od kamieni
przykrościm doznał – lecz od żywych ludzi,
nie zachwieje się we mnie duch ani nie zmieni,
ani się zapał we mnie nie ostudzi,
to bowiem z Wiary jest, co mi rumieni
różanym świtem myśl i co mnie budzi.
Im częściej na mnie kamieniem rzucicie,
sami złożycie stos – – stanę na szczycie”.